법인세무조사 | 절차 지키지 않았을 경우 위법성 다툴 수 있다는 대법원의 판결

법인세무조사 사건은 원고가 과거 사업연도(2008~2012년)의 법인세 신고 과정에서 발생한 결손금과 소득금액을 토대로 세무처리를 진행했으나, 이후 국세청의 세무조사 결과 결손금 및 소득금액에 대한 경정이 이루어지면서 법적 분쟁으로 이어진 사례입니다.

원고는 2008~2011 사업연도에는 결손금이 발생했고, 2012 사업연도에는 소득금액이 발생했다고 신고했습니다.

부산지방국세청은 세무조사를 실시한 후, 원고가 신고한 2010 사업연도의 결손금과 2012 사업연도의 소득금액을 각각 감액경정했습니다.

그 결과 2012 사업연도의 경우 결손금이 발생한 것으로 수정되었습니다.

피고(마산세무서장)는 수정된 결손금 내역을 반영해 2014 사업연도의 법인세 과세표준을 재계산한 뒤, 원고에게 추가 법인세를 부과했습니다.

원고는 이러한 세무당국의 처분에 불복해 법인세무조사 관련 소송을 제기했습니다.

법인세무조사 사건의 쟁점은 과세관청이 결손금 감액경정을 하면서 법인세법에서 정한 통지 등 절차를 준수하지 않아 납세의무자에게 방어권행사 및 불복의 기회가 보장되지 않은 경우, 이후 사업연도 법인세 부과처분에 대한 불복절차에서 선행하는 결손금 감액경정의 위법성을 다툴 수 있는지였습니다.

법인세무조사 사건에서 대법원은 원심의 판단에서 두 가지 문제점을 제기했습니다.

법인세무조사 관련 통지 절차의 누락 여부와 결손금 공제 범위에 대한 원칙 확인 부분이었습니다.

대법원은 과세관청이 결손금 감액경정을 하면서 법인세법 및 관련 규정에 따른 통지 절차를 준수했는지 심리하지 않은 원심의 판단이 잘못되었다고 보았습니다.

법인세법 제70조 및 관련 시행령, 규정에 따르면, 과세표준과 세액의 결정·경정 시 납세자에게 이를 통지해야 하며, 납부할 세액이 없는 경우에도 통지해야 한다는 점을 지적한 것입니다.

과세관청이 통지 절차를 준수하지 않아 납세자의 방어권 행사나 불복 기회를 보장하지 않았다면, 납세자는 이후 사업연도의 법인세 부과처분 불복절차에서 감액경정의 위법성을 다툴 수 있다고 판단했습니다.

대법원은 2008년과 2012년 사업연도의 추가 결손금이 신고나 경정·결정된 과세표준에 포함되지 않았기 때문에, 해당 결손금은 이월결손금으로 공제될 수 없다는 점을 원칙적으로는 인정했습니다.

2010년 1월 1일 이후 개정 법인세법에 따라 과세관청이 결손금 감액경정을 한 경우, 납세자가 당시 이를 다투지 않았다면 이후 사업연도에서 이를 이월결손금으로 공제하거나 감액경정의 오류를 주장할 수 없기 때문입니다.

단, 과세관청이 통지 절차를 준수하지 않아 납세자의 방어권 및 불복권이 보장되지 않은 경우, 이후 사업연도의 법인세 부과처분에 대한 불복 절차에서 감액경정의 위법성을 다툴 수 있습니다.

대법원은 법인세무조사 관련 통지 절차를 심리하지 않은 원심이 이를 간과하여 필요한 심리를 다하지 않았다고 판단했습니다.

대법원은 원심이 2010 사업연도 결손금 감액경정에서 과세관청이 법적 통지 절차를 준수했는지 여부를 심리하지 않고, 납세자가 이를 다툴 수 없다고 판단했습니다.

결론적으로, 대법원은 원심이 법리 오해와 심리 미진으로 인해 판결에 영향을 미쳤다고 보고, 사건을 돌려보내야 한다는 취지로 판단을 내렸습니다.

법인세무조사는 세금 산정 기준, 과도한 세무조사 및 과세 처분, 법령 해석의 차이, 특정 거래나 비용 처리에 대한 논쟁으로 기업과 세무당국 간 소송이 발생할 수 있습니다.

세법은 매우 복잡하기 때문에 전문가의 도움없이 진행하기는 매우 어렵습니다.

법인세무조사 과정에서 전문 변호사의 도움을 받으면 기업의 권리를 보장하고, 세무당국의 부당한 압박을 방어할 수 있습니다.

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